旗舰店，是已经了注册公司，有属于公司的经营品牌，产品都是正品。只卖经营的品牌。厂家直营，并非代理加盟性质。

专营店，专门经营或授权经营某一主要品牌商品，需提升销售品牌的经销授权证书，专营店是经营少量的商品品种但商品种类多样，不排除有假货的可能。

这两者的区别，最大的就是供货渠道不同，旗舰店更专业一些，厂家直销，而专营店，则可能是其他渠道进来的货物。